该地区年主导风向为西南风，故废水处理站各构筑物主要布置在厂区下风向地带。
污水处理厂根据生产木糖醇产生的废水特点和设计要求达到的水质目标，所选用的主体构筑物上流式厌氧生物反应器（UASB）和间歇式活性污泥反应池（CASS）。
UASB是荷兰学者Lettinga等人在20世纪70年代初开发的。其基本原理是：反应器主体分为上下两个区域，即反应区和气、液、固三相分离区，在下部的反应区内是沉淀性能良好的厌氧污泥床；高浓度有机废水通过布水系统进入反应器底部，向上流过厌氧污泥床，与厌氧污泥充分接触反应，有机物被转化为甲烷和二氧化碳，气、液、固由顶部三相分离器分离。出水COD的去除率可达到80%以上，容积负荷5—10kgCOD/（m3.d），分离后的沼气可作为能源利用。
CASS工艺是间歇式活性污泥法的一种变革，其进水端即反应区不但使其可以连续性进水，同时发挥着生物选择器的作用，可以有效抑制丝状菌的生长和繁殖，防止发生污泥膨胀，提高了系统的运行稳定性。它集曝气、沉淀、排水于一体，该设备安装简便，施工周期短，具有良好的耐水、防腐能力，设备使用寿命长；对原水的水质水量的变化有较强的适应能力，处理效果稳定，出水水质好，自动化程度高，可用微机进行操作和控制。