2004年11月8日，原国家环保总局颁布施行了《环境污染治理设施运营资质许可管理办法》，以提高环境污染治理设施运营管理水平，规范环境污染治理设施运营市场秩序。
 2006年3月1日，原国家环保总局颁布施行了《放射性同位素与射线装置安全许可管理办法》，从辐射安全与环境保护管理机构、专业技术人员和管理人员的资质、放射性同位素暂存库或设备、辐射的实体保护设施、包装容器和运输工具、辐射防护用品、辐射监测仪器、管理规章制度、辐射事故应急预案、放射性废弃物达标排放的处理等方面提出了具体要求。
 什么是环境许可证制度？
 环境许可的书面形式是环境行政许可证。环境行政许可证制度规定了环境行政许可证的申请、审查、颁发和监督管理的规则。环境行政许可证适用于不同环境要素的保护和一个环境要素的不同开发利用阶段的保护。
 2004年7月1日，国务院颁布施行了《危险废物经营许可证管理办法》，在减少行政许可的同时，增加了对危险废物的经营许可。为此，原国家环保总局发布了一批环境规章和5项国家环境标准，对危险废物经营进行了规范。
 现行的《水污染防治法》提出国家实行排污许可制度。目前，国家正在加紧拟定《排污许可证条例》，通过实施排污许可证管理，对污染物实施总量控制，以对环境污染实行更科学的监督管理。