由于医院医疗废水除大量有机污染物外还含大量病原体，如病菌、病毒及寄生虫卵，这些病原体在污水中存在和存活的时间很长，当人们接触或饮用被病原体污染的水体后，就会被传染，直接威胁人民群众的健康。医院污水处理特别要防止传染病原菌的排放和对环境的污染，必须对其进行严格的预消毒处理后方可与其他污水一起处理。随着社会的发展和环保要求的提高，其污水只停留在“一级处理+消毒”的工艺已不能满足新的环保排放要求，而且只消毒不去除有机物，不仅消毒效果差，消毒剂的耗量大，而且有机物排入水体，会导致水体的富营养化。
为确保污染物的有效控制，国家卫生部、环保总局及爱卫会要求，医院污水在排入市政管网之前必须进行“二级处理+消毒”工艺。