养殖后的废水，有机物含量高，其本身也是引起水域的二次污染的主要原因之一。
而采用小水体、高密度的饲养方式（如池塘养鱼、工业化养鱼等），其废水中的有机物含量更高，但目前绝大部分都未经处理直接排放，造成二次污染。
水产养殖首先是被污染，但也是二次污染的重要污染源。因此，养殖用水和养殖后的废水必须处理，这是21世纪水产养殖发展的必由之路。