在工程技术上，研究甲烷细菌的通性是最重要的，这将打破厌氧生物处理过程分阶段的现象，从而最大限度地缩短处理过程的时间。经验和研究表明，pH值和温度是影响甲烷细菌生长的两个重要的环境因素。pH值应在6.8～7.2之间。在35-38℃和52-55℃各有一个最适温度。
污水和泥液中的碱度有缓冲作用，如果有足够的碱度中和有机酸，其pH值有可能维持在6.8之上，酸化和甲烷化两大类细菌就有可能共存，从而消除分阶段现象。此外，消化池池液的充分混合对调整pH值也是必要的。
从液温看，消化可在中温（35-38℃）进行，也可在高温（52-55℃）进行。但后者需要的热量比前者要高得多。
研究表明，产乙酸细菌和产甲烷细菌存在严格的共生关系，考虑到这种关系，反应器中的剪切力要注意控制，不能在系统内进行连续的剧烈搅拌。
研究表明，厌氧处理系统中SO42-、SO32-浓度高时，产甲烷细菌就会受到抑制。消化气中CO2成分提高，并含有较多的H2S。H2S对甲烷细菌的毒害作用更进一步影响整个系统的正常工作。
与产酸菌相比，甲烷细菌对温度、pH值、有毒物质等更为敏感，因此要保持温度的恒定。通常采用的厌氧处理的温度一般选择在中温或高温。甲烷细菌要求的pH值严格控制在6.8～7.2。
基质的组成也直接影响厌氧处理的效率和微生物的生长，有资料报道，COD:N:P=800:5:1即足够。
要缩短厌氧处理的时间，最主要的方法是增加参加反应的微生物数量（浓度）和提高反应时的温度。
目前，厌氧生物处理法主要用于污泥的消化、高浓度有机废水和温度较高的工业废水的处理。