发酵系统中的CO2分压很高(20.3～40.5kPa)，发酵液的实际pH值比在大气条件下的实测值为低。一般认为，实测值应在7.2～7.4之间为好。 低于7.0时，pH值有继续下降的趋势，低于6.5时，将使正常的处理系统遭到破坏。
与原水或污泥pH值有一定关系 ：最好为6～8
高于9或低于5，导致处理系统的pH值很快偏移。