不产甲烷菌能将纤维、半纤维、淀粉、蛋白质、脂肪等复杂有机物分解成乙酸、丙酸、丁酸等简单的小分子量的物质，为产甲烷菌提供基质。
产甲烷菌是沼气发酵微生物的核心，它们严格厌氧，适宜在中性环境中繁殖，依靠乙酸、二氧化碳和氢生长，并以废物的形式排出甲烷。
不产甲烷菌为产甲烷菌提供生长和产甲烷所需的基质；产甲烷菌为不产甲烷菌生化反应解除反馈抑制。
不产甲烷菌为产甲烷菌创造适宜的厌氧环境。
不产甲烷菌为产甲烷菌清除有毒物质
不产甲烷菌与产甲烷菌共同维持环境中适宜的pH