医疗污水的水质不同于生活污水，其成分更非常复杂，含有多种药物比如：消毒剂，来自化验、检验、手术各科室的重金属、有机试剂等（无放射科）；还含有多种病菌病毒以及寄生虫卵。它们在环境中具有一定的适应力，有的甚至在污水中存活时间较长，若未经处理即排入水体或用于灌溉，将会严重污染环境，影响人民身体健康。
医院污水特点还体现在综合污水BOD5/CODcr高，可生化性较强，溶解性CODcr占有很大比例，适合于生物法进行处理。