医疗污水中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂，以及大量病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒。尤其是传染病区和结核病区的污水中，含有多种传染性病菌、病毒，如肝炎病毒、结核菌和痢疾菌等。此外，在设有同位素诊疗室的医院污水中还含镭226、磷、金198、碘131等放射性物质。与工业废水和生活污水相比，它具有水量小，污染力度强的特点。这些病毒、病菌和寄生虫卵在常温环境中具有较强的存活率和适应性，在污水中能够存活较长时间。如任其排放，必然会污染水源，传播疾病，故必须将这些污染消灭在源头。