制药废水水质水量波动较大，是处理难度较大的工业废水之一。所采用的处理方法应根据具体情况进行选择。具体处理方法主要是生化工艺和物化工艺及其组合。
物化方法有：混凝法、气浮法、吸附法、焚烧法等。多用作预处理。
生化处理有：活性污泥法、SBR法、UASB、两相厌氧处理工艺、生物流化床、生物接触氧化法、生物活性炭、光催化法等。一般采用组合工艺。