流经区域内更有10万余人口的生产生活污水、餐饮废水、灌溉废水随沟渠直接排入凤凰河二沟。沿河另外还有不少机械加工，木材加工，塑料回收等小作坊、小企业及一家大型军工企业。由于该区域在成都三环路以外，清污分流系统不完善，管理难度大，卫生条件差，污水偷排现象严重，环境极为恶劣。凤凰河二沟的水被鉴定为发黑发臭的劣Ⅴ类水。而凤凰河二沟与沙河交汇处距下游沙河上的成都市自来水二厂约0.5km，距下游成都自来水五厂约2km，严重影响取水质量。为了治理该条河流， 2007年4月建成了西南地区最大的土地治污工程，工程占地327亩，污水日处理量2万立方米。